Vuonna 2004 Korkeimman hallinto-oikeuden päätöksellä muutettiin Harjavallan ja Kolsin voimalaitosten kalatievelvoitteet muutettiin kalatalousmaksuiksi ja Hartolankosken (Tyrvään) voimalaitoksen maksua korotettiin. Kaikille Kokemäenjoen alueen voimalaitoksille on määrätty kalatalousmaksu. Voimalaitosten kalatalousmaksujen yhteismäärä on 137 579 euroa vuodessa.

Voimalaitosten ohella myös Kokemäenjoen vesistön jätevesikuormittajat maksavat kalatalousmaksuja käytettäväksi kalavesien hoitotoimenpiteisiin. Jätevesikuormittajien kalatalousmaksut käytetään pääasiassa istutuksiin sellaisilla kalalajeilla, joiden kanta on kärsinyt jätevesipäästöistä.

Varsinais-Suomen ja Hämeen Te-Keskukset teettivät yhteisesti Kokemäenjoen kalakantojen hoitosuunnitelman, joka valmistui keväällä 2005. Asianosaisten kuulemisen jälkeen tehtiin päätös kalatalousmaksujen käytöstä.